Die Neue Kirche wurde am 6. September 1944 beim großen Bombenangriff auf Emden zerstört. Es standen nur noch die Außenmauern. Das gesamte Interieur verbrannte und ist unwiderruflich zerstört.
Und doch gibt es einen alten Taufstein in der Kirche. Ursprünglich gehörte der Taufstein – eine romanische Bildhauerarbeit in Bentheimer Sandstein mit zylindrischer Cuppa – nicht in die Neue Kirche, sondern stand zunächst in der Kirche zu Jennelt.
Aber was macht ein Taufstein aus Jennelt nach Emden in die Neue Kirche? Hans-Peter Glimme hat dazu folgendes herausgefunden: Der Taufstein aus Jennelt kam im November 1902 in das Emder Museum: Am 4. November: „Herr Amtsrichter Richard teilt mit, dass der Graf Knyphausen-Jennelt in München sich bereit erklärt habe, einen Taufstein im Pastorei-Garten zu Jennelt uns zu überlassen, falls wir die Transportkosten tragen wollen, und den Wunsch geäussert habe, von der Wirksamkeit unserer Gesellschaft nähere Kenntnis zu erhalten.“ Die Genehmigung wird aber auch von Pastor Lüpkes aus Jennelt unterstützt worden sein, der in engem Kontakt zur „Kunst“ stand. Die erfolgreiche Umlagerung wurde am 25. November 1902 verzeichnet: „der im vorigen Protokoll erwähnte Taufstein aus dem Pastorei-Garten in Jennelt ist inzwischen eingetroffen & vorläufig hinten im Garten aufgestellt, der Stein wird demnächst einer sorgfältigen Reinigung unterzogen werden müssen, zumal an ihm sich Kalk befindet, der wohl leicht entfernt werden dürfte. Herr Pastor Lüpkes bittet um eine Empfangsbescheinigung, die Fracht bis vor die Thür beträgt Mk 4.“
Ein altes Foto zeigt den Taufstein, wie er in der Kunst steht. Dazu Glimme: Deutlich ist die zerstörte oder abgearbeitete obere Kante der Kuppa zu erkennnen. Vor der Aufstellung des Taufsteins in der Neuen Kirche muss er restauriert worden sein. Der Taustab unterhalb des neuen Randes ist erhalten. Wahrscheinlich lag über dem Taustab ein zweiter, gegenläufig gedrehter Taustab. Das alte Foto lässt die gefüllten Wellenranken mit den Blättern in den Zwickeln wunderbar plastisch erkennen. Der Taufstein war also viel tiefer ausgearbeitet, als er es jetzt noch zu erkennen gibt. Die tiefe Durchformung spricht auch für seine Entstehung im frühen 13. Jahrhundert. Unter der ungegliederten Leiste befindet sich noch ein einfacher Taustab. Die vier Löwen, die den Kelch des Taufsteins flankieren, sind nur vom Rumpf her zu erkennen.
Anfang der 1970er Jahre erhielt die Evangelisch-reformierte Gemeinde die Anfrage, ob sie den Taufstein in der Neuen Kirche aufstellen wolle. Dazu wurde der obere Rand wieder aufgearbeitet und eine Schale aus Messing angefertigt, in welche das Wasser für die Taufe gefüllt wird.
Nach der Renovierung der Kirche in den Jahren 2011 bis 2013 wurde für den Taufstein ein fahrbarer Untersatz gefertigt, um den Taufstein für Konzerte und andere Veranstaltungen sicher zur Seite zu stellen.
Heute ist der Taufstein das älteste Objekt in der Neuen Kirche.
