Wenn man heute die Neue Kirche betritt, fallen einem zwei Grabsteine auf, die hochkant an der Rückseite der Konsistorienkammer gestellt sind. Da ist zum einen der Grabstein der Erbauers der Kirche, Martin Faber, und vom Ratsherrn Cornelis Budde.
Seit dem 17. Jahrhundert fanden zahlreiche Bestattungen in der Neuen Kirche statt. Der Fußboden war voll bestückt mit Grabplatten, über die man laufen musste. Fastenau hat in seiner handschriftlichen Beschreibung der Kirche die zahlreichen Steine beschrieben und aufgelistet.
Mit der Zerstörung der Kirche am 6. September 1944 wurde auch der Fußboden durch herabfallende Teile und durch Feuer vernichtet. Nach dem Krieg wurde der Boden mit Schutt und Sand nivelliert und ein neuer Fußboden aus hellen Schieferplatten eingebracht.
Im Rahmen der großen Renovierung der Neuen Kirche in den Jahren 2011 bis 2013 wurde der Boden entfernt und viele alte, zertrümmerte Grabplatten gefunden. Im Südwesten des Gebäudes fand man eine große Anzahl an Gebeinen, die wahrscheinlich nach dem Krieg gefunden und dort abgelegt wurden. Im Zuge der Renovierung sind alle Gebeine gesammelt und in einem Sarg erneut beigesetzt worden. Heute erinnert eine Inschrift auf dem Fußboden daran.
Einige noch halbwegs erkennbare Grabplatte, die man im Boden fand, sind als Fries unter Kanzel in den Boden eingelassen.
Hier noch der Eintrag im Buch von Heinrich Siebern, Die Kunstdenkmäler der Stadt Emden:
Im Fußboden der Kirche liegen zahlreiche Grabsteine, meist nur mit Wappen und Inschrift; hier sind beigesetzt:
1648 Der Erbauer der Kirche Martin Faber, der die Vollendung seines Werkes nicht lange überlebt hat. Die Grabschrift lautet: Anno 1648 den 13. April starf de ernntveste Martinus Faber, Ratsher vnd Ingenieur • deser Stat als ock Architeckt • van dese Kerck • sines Olders int 62. Jaer vorwachtet mit alle Gelovigen ein frolike Vperstandun(g) am Jongsten Dage.
1674 Menno Vniken, genere et militia clarus, periculosissimo tempore praesidyi hujus urbis vice comendans et centurio.
1708 Der Ratsherr Cornelius Budde (* 17. Mai). Der Grabstein aus weißem Alabaster neben der Nordosttür ist umrahmt einem Lorbeerwulst; in der Mitte das Wappen, der Grabschrift unten ein zierlich ausgehauenes Schiff auf einem Sockel mit der Inschrift in Lapidaren:
„Soo als dit Schip bruist door de wild en woeste Moet met Geloov en Deugd u Ziel na Jesus vaaren.“
Oben auf einem von Schilfblättern eingefalten, länglich runden Feld:
„Heer Budde leid hier nu in Rust Die Handel dreef met Kracht en Lust Door Deugd en Eer wierd hy geprezen Hy was een Troost voor d’arme Wezen Wiens Ziel by God nu Zeegen praalt En’t Lichaam is int Graf gedaalt.“
1718 Mevrouwe Jacoba van Hertsbeek, „Weduwe van den Heer Henry du Moulin. Ridder, Heer van du Lavoir“ († 12. Oktober). Ihr Grab liegt neben der Nordwesttür an der Außenwand und ist durch ein schones, mit durchbrochen geschnitztem Regenceornament verziertes Gitter abgetrennt, das als Bekrönung ein von zwei Löwen gehaltenes Wappen trägt. Ober dem schlichten Grabstein ist an der Wand eine Inschrifttafel angebracht, die u. a. die Weisung enthält, das Grab nie zu öffnen.
1719 Aldericus Staels, Viertiger der Stadt Embden en Amptman van Up: en Wolt-husen († 22. Juli).
1719 Aafke Deteleef, geb. Lambergen, Gattin des Petrus Arnold D. († 17. Sept.).